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En résumé :
Avec l’entrée en vigueur de la réforme de la facturation électronique au 1er septembre 2026, l’archivage devient un sujet que les directions financières ne peuvent plus traiter en fin de chaîne. La transmission d’une facture via une plateforme agréée ne règle pas, à elle seule, la question de sa conservation probatoire : ce sont deux sujets distincts, et c’est à l’entreprise émettrice ou destinataire d’organiser la conservation de ses factures, pièces associées et preuves de traitement.
Cet article fait le point sur ce que la réforme change, et ne change pas, en matière d’archivage : ce qu’il faut conserver, pendant combien de temps, sous quel format, avec quelles garanties techniques, et comment éviter les principaux pièges lors du choix d’une Plateforme Agréée, d’un SAE ou d’un prestataire d’archivage.
⚠️ Alerte : les PA n’assurent pas toujours l’archivage légal par défaut
Les Plateformes Agréées assurent l’émission, la transmission, la réception des factures électroniques et la transmission de certaines données à l’administration. Le cahier des charges de la réforme ne doit pas être confondu avec un engagement automatique d’archivage à valeur probatoire pendant toute la durée légale. En cas de contrôle, c’est l’entreprise qui doit produire des factures authentiques, intègres et lisibles. Il faut donc vérifier contractuellement si la PA intègre un service d’archivage probatoire, avec SAE certifié NF 461 ou garanties documentées équivalentes, ou prévoir un SAE indépendant. Un défaut de fiabilité probatoire peut entraîner le rejet de la comptabilité, un redressement et la perte du droit à déduction de TVA.
Archiver une facture électronique ne consiste pas simplement à la stocker sur un serveur ou dans une GED. Il s’agit d’organiser sa conservation de façon à pouvoir produire, pendant toute la durée légale, une facture complète, lisible, intègre et rattachable à l’opération réelle qu’elle documente. L’archive doit pouvoir être présentée à l’administration fiscale, à un commissaire aux comptes, à un auditeur interne ou à un juge.
Le droit fiscal impose que l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité de la facture soient garanties depuis son émission jusqu’à la fin de sa période de conservation. Jusqu’au 31 août 2026, ces principes sont classiquement rattachés à l’article 289 du CGI. À compter du 1er septembre 2026, les références doivent être lues à la lumière de la recodification de la TVA issue de l’ordonnance n° 2025-1247 du 17 décembre 2025 et de ses textes d’application.
Ces garanties peuvent être assurées par plusieurs voies : une piste d’audit fiable (la PAF), une signature ou un cachet électronique qualifié, ou un EDI fiscal conforme. Un Système d’Archivage Électronique (SAE) contribue ensuite à maintenir ces garanties dans la durée, à condition que son organisation, ses journaux, ses empreintes, ses contrôles d’accès et ses procédures de restitution soient correctement documentés (certification NF 461).
Deux durées coexistent pour une facture :
Pour une facture, qui est à la fois une pièce fiscale et une pièce comptable, la politique la plus robuste consiste à retenir 10 ans par défaut, à compter de la clôture de l’exercice concerné. Cette approche évite d’avoir à gérer deux régimes de purge distincts et couvre les principaux cas de contrôle, d’audit ou de litige.
Un archivage à valeur probatoire doit permettre de démontrer, à tout moment, que la facture conservée est fidèle à l’original, inaltérée, lisible, traçable et restituable. La norme AFNOR NF Z42-013:2020 formalise les exigences relatives aux Systèmes d’Archivage Électronique. La certification NF 461, délivrée par AFNOR Certification, constitue un appui reconnu pour démontrer qu’un SAE applique les règles de l’art, même si la valeur probante reste toujours appréciée au regard du contexte et, en dernier ressort, par le juge.
En pratique, un SAE probant associe plusieurs briques :
La signature ou le cachet électronique qualifié est une voie de sécurisation forte, mais ne doit pas être présenté comme obligatoire dans tous les cas. La piste d’audit fiable et l’EDI conforme restent des voies reconnues pour garantir l’authenticité, l’intégrité et la lisibilité des factures.
L’administration fiscale doit pouvoir, à sa demande, consulter les factures archivées et obtenir leur restitution dans un format lisible. Pour les factures nativement électroniques structurées (Factur-X, UBL, CII), cela signifie conserver à la fois le fichier structuré et une représentation visuelle humainement lisible du contenu.
Concrètement, un archivage conforme doit permettre en quelques minutes :
Cette capacité de restitution est vérifiée en pratique lors d’un contrôle. Un archivage techniquement conforme mais impossible à interroger dans un délai raisonnable expose l’entreprise aux mêmes sanctions qu’une conservation défaillante.
La réforme instaure un nouveau circuit de transmission des factures B2B domestiques, mais elle ne bouleverse pas le droit de la preuve ni les durées légales de conservation. Autrement dit, l’e-invoicing ne dispense pas l’entreprise de ses obligations. Il modifie le « comment » de la facturation, pas les « combien de temps » ni les « dans quelles conditions » de l’archivage.
Le calendrier officiel, confirmé par la DGFiP et repris par economie.gouv.fr, distingue deux temps forts :
Côté archivage, cela signifie que les entreprises vont commencer à recevoir des factures nativement numériques dès le 1er septembre 2026, y compris lorsqu’elles continuent à émettre en papier ou PDF pendant un an de plus. Ce sont donc les factures fournisseurs entrantes qui imposent, en premier, de disposer d’une solution d’archivage probatoire pour les formats électroniques.
Une Plateforme Agréée (PA), issue du processus d’immatriculation de la DGFiP, a Une Plateforme Agréée a pour rôle de transmettre et recevoir les factures électroniques, d’extraire et transmettre les données utiles à l’administration, de gérer certains flux de e-reporting et de relayer les données de paiement selon les cas. Ces fonctions ne doivent pas être confondues avec un engagement d’archivage probatoire pendant 6 ou 10 ans.
Certaines PA proposent un service d’archivage intégré, parfois avec SAE certifié NF 461. D’autres offrent un stockage sécurisé mais sans garantie probatoire complète. La différence doit être vérifiée dans le contrat : durée de conservation, format conservé, restitution, preuves exportables, réversibilité, localisation, responsabilité en cas d’indisponibilité ou de perte de valeur probante.
Les trois notions coexistent mais ne désignent pas les mêmes sujets :
Une entreprise peut donc être correctement organisée pour transmettre ses factures et remonter ses données fiscales, tout en restant fragile si ses archives ne permettent pas de restituer les factures au format d’origine et les éléments de piste d’audit fiable.
Depuis la reconnaissance de la copie fiable en droit civil et l’encadrement fiscal de la numérisation, une facture papier peut être conservée sous forme numérique sous conditions. Le régime applicable dépend toutefois de l’origine du document : facture nativement électronique ou facture papier numérisée.
Une facture émise ou reçue nativement au format électronique doit être conservée dans son format informatique original. Pour une facture Factur-X, il faut conserver le PDF/A-3 et le XML embarqué. Pour un flux UBL ou CII, le fichier XML original doit rester la référence probante. Une extraction PDF ou une impression papier ne suffit pas à remplacer l’original numérique.
Une conversion peut être utile pour l’exploitation interne ou la lisibilité, mais elle ne doit pas faire perdre le fichier original, les métadonnées et les preuves associées. Le principe à retenir est simple : on peut ajouter des formats de consultation (les “visibles”), mais on ne remplace pas le format d’origine.
Pour une facture reçue au format papier, deux options coexistent : conserver l’original papier pendant la durée légale, ou numériser la facture et conserver la copie numérique dans des conditions garantissant sa fidélité et son intégrité. Dans ce second cas, la numérisation doit respecter les exigences fiscales applicables et les règles de l’art, notamment la norme NF Z42-026:2023 relative à la numérisation fidèle.
Lorsque la numérisation est réalisée conformément aux exigences applicables et que la copie est versée dans un SAE apportant des garanties suffisantes, la copie numérique peut être utilisée comme copie fiable au sens du Code civil. La destruction du papier peut alors être envisagée, sous réserve d’une procédure documentée.
En pratique, de nombreuses organisations conservent toutefois les originaux papier pendant un délai de précaution, par exemple 12 à 36 mois selon leur profil de risque, le temps de vérifier que les archives numériques sont complètes, auditées et restituables. La destruction elle-même doit être tracée : périmètre, date, méthode, responsable, preuve de conformité de la numérisation.
L’erreur la plus fréquente consiste à n’archiver que la facture, sans les pièces et preuves qui permettent de rattacher la facture à une opération réelle. Un archivage robuste couvre la facture, les pièces associées et les éléments de piste d’audit fiable.
La facture doit être conservée dans son format d’origine, avec l’ensemble de ses mentions obligatoires et non obligatoires. Pour une facture structurée, cela implique de conserver le fichier XML, ou le couple PDF + XML dans le cas de Factur-X, accompagné des métadonnées d’émission, de réception, de statut et de traitement.
Une facture isolée ne prouve rien à elle seule, du moins elle ne suffit pas toujours à démontrer la réalité de l’opération.
Pour reconstituer le flux, l’entreprise doit pouvoir rattacher les pièces justificatives pertinentes :
Le SAE ou l’architecture documentaire doit permettre de relier ces pièces à la facture et de restituer un dossier cohérent.
La piste d’audit fiable reste une exigence centrale lorsque l’entreprise ne s’appuie pas exclusivement sur une signature électronique qualifiée, un cachet qualifié ou un EDI conforme. Elle consiste à documenter et prouver les contrôles qui assurent le lien entre la facture et l’opération économique correspondante.
Il est préférable de formuler ce point sans annoncer une intensification générale des contrôles PAF si aucune source spécifique n’est citée. L’enjeu est néanmoins réel : l’absence de piste d’audit fiable documentée peut fragiliser la déduction de TVA et la force probante des factures.
Les règles de stockage croisent trois dimensions : la localisation géographique, la capacité à restituer les fichiers à l’administration, et la garantie technique d’intégrité.
L’article L.102 C du LPF encadre la localisation des factures électroniques conservées. Par défaut, elles doivent être stockées sur le territoire français ou dans un autre État membre de l’Union européenne. Un hébergement hors UE n’est admis que si une convention d’assistance mutuelle en matière fiscale lie la France à l’État concerné, et moyennant information préalable de l’administration.
Au-delà du texte, la localisation est devenue un critère de souveraineté à part entière : vérifier auprès de votre prestataire non seulement le pays des datacenters, mais aussi la nationalité de la structure qui en détient le contrôle capitalistique et les lois extraterritoriales susceptibles de s’y appliquer.
Dans le contrat, exigez une attestation de localisation des datacenters principaux et de secours, l’identité de l’exploitant, les modalités de changement de site et les garanties de continuité de service.
Les factures doivent pouvoir être consultées et restituées en cas de contrôle. Cela suppose :
La promesse commerciale d’un simple « accès en ligne » ne suffit pas. Il faut tester une restitution complète avant la mise en production, puis régulièrement pendant la durée du contrat.
L’intégrité se prouve techniquement et organisationnellement. Un archivage probant doit permettre de démontrer que le document versé n’a pas été modifié, ou que toute nouvelle version a été créée et horodatée sans écraser l’original.
À tout moment, il doit être possible de recalculer l’empreinte d’un fichier restitué et de la comparer à l’empreinte initiale pour démontrer la non-altération. C’est ce mécanisme, et non une simple déclaration de conformité, qui fait tenir la valeur probante dans la durée.
L’expression « archivage conforme » est souvent utilisée dans le marketing des plateformes. Elle doit cependant être rapportée à des exigences précises : textes fiscaux, durées de conservation, conservation au format original, restitution, sécurité, journalisation et référentiels normatifs.
Une facture nativement électronique se conserve dans son format d’origine. Cela signifie que pour une facture Factur-X, on conserve le PDF/A-3 incluant le fichier XML embarqué, pas une réimpression, pas une extraction PDF. Pour un flux UBL ou CII, on conserve l’XML lui-même.
Cette règle, qui semble évidente, est régulièrement malmenée en pratique par des workflows qui « extraient » les factures de la plateforme pour les reclasser dans une GED traditionnelle, en ne gardant que le rendu PDF. La version d’origine conservée par la plateforme doit rester la référence probante.
Conserver ne veut pas dire figer sans contrôle. Sur 10 ans, les formats, logiciels et supports évoluent. Le SAE doit prévoir des procédures de migration permettant de préserver le contenu, de tracer la conversion et de conserver l’original lorsque cela est nécessaire à la preuve.
Les formats de facture électronique retenus par la réforme (Factur-X, UBL, CII) s’appuient sur des standards ouverts et sur PDF/A-3, explicitement conçu pour l’archivage long terme.
Plusieurs acronymes reviennent souvent et se confondent à tort :
Côté normes , il faut distinguer :
L’archivage doit être pensé comme un prolongement naturel des processus comptables, et non comme une étape ajoutée en bout de chaîne :
L’archivage ne doit pas vivre isolément. Il doit s’intégrer à l’ERP, aux outils de comptabilité fournisseurs (Procure to pay)et clients (Invoice to cash), aux solutions de validation et à la Plateforme Agréée. Les points d’attention :
La réforme introduit des statuts officiels (dont quatre obligatoires : déposée, rejetée, refusée, encaissée et d’autres optionnels) qui s’accompagnent d’événements à tracer.
Une facture refusée ou rejetée ne doit pas disparaître du système. Elle doit rester traçable avec son statut, le motif associé et les éventuelles corrections. Une facture rectificative ou un avoir ne remplace pas la facture initiale : les deux doivent coexister dans l’archive, avec un lien explicite.
Le dossier d’archive doit permettre de reconstituer la séquence : facture initiale, rejet ou refus, avoir ou correction, nouvelle facture, validation, paiement.
Les plateformes agréées sont immatriculées pour 3 ans renouvelables. Sur une durée d’archivage de 10 ans, une entreprise peut changer de PA, de SAE, d’ERP ou de prestataire d’hébergement. La réversibilité doit donc être négociée dès la signature du contrat.
La réversibilité est une clause contractuelle à négocier avant de signer, pas au moment de partir.
Sans ces garanties, une archive techniquement présente peut perdre une partie de sa valeur probante au moment de la migration, faute de pouvoir démontrer sa chaîne de conservation.
Pendant la période de bascule, l’ancien prestataire doit continuer à assurer un socle de services :
Ces obligations doivent figurer dans le contrat dès la signature initiale, aux côtés des clauses de confidentialité et de sécurité.
Un archivage défaillant ne se révèle pas toujours immédiatement. Il devient critique lors d’un contrôle fiscal, d’un audit, d’un litige commercial, d’une due diligence ou d’un changement de système.
Lors d’un contrôle, l’entreprise doit pouvoir produire des factures complètes, lisibles et intègres, avec les éléments justifiant leur authenticité et leur rattachement à l’opération. Un fichier incomplet, un format altéré, une impossibilité de restituer les pièces associées ou un délai de recherche excessif peuvent fragiliser la preuve.
La valeur probatoire ne se reconstruit pas rétroactivement : une empreinte, un horodatage ou un journal manquant au moment du versement ne peut pas être recréé avec la même force plusieurs années plus tard.
La déduction de TVA suppose que les factures soient régulières, conservées et rattachables à des opérations réelles. Un défaut de conservation, de piste d’audit fiable ou de restitution peut donc contribuer à une remise en cause de la déduction de TVA et à un redressement.
La présentation des sanctions doit rester précise. Il convient de distinguer :
Pour éviter les erreurs, il est préférable de ne pas regrouper toutes les pénalités dans une même liste générique. La rédaction finale doit rattacher chaque sanction à son fondement juridique exact.
En dehors du champ fiscal, les archives mal conservées fragilisent l’entreprise sur plusieurs fronts :
Le choix d’un outil d’archivage se joue sur trois axes : sa capacité à restituer ce qu’on lui confie, son intégration dans les flux existants de facturation et la gouvernance documentaire qu’il permet d’installer dans la durée.
Les éléments à vérifier avant toute signature :
Votre solution d’archivage doit s’insérer dans le circuit de facturation sans point de friction :
Au-delà de l’outil, la valeur probante se tient dans la durée par une gouvernance rigoureuse :
DIGITAL INVOICE by Tessi est pensée comme une brique de cycle complet pour la dématérialisation des factures : l’archivage n’est pas un module optionnel ajouté à la plateforme, il est intégré aux mêmes flux que l’émission, la réception, la validation et le paiement des factures.
Lorsque le périmètre contractuel le prévoit, la solution peut s’appuyer sur un SAE conforme aux règles de l’art, sur des certifications de sécurité et sur un hébergement en France ou dans l’Union européenne. Les promesses relatives à la certification NF 461, aux certifications ISO 27001/27701 doivent être confirmées par des certificats, annexes contractuelles à jour.
Oui, sous conditions strictes. La copie numérique doit être fidèle, intègre et conservée dans des conditions permettant d’en garantir la valeur probante. La norme NF Z42-026:2023 constitue le référentiel à citer pour la numérisation fidèle. En pratique, un délai de conservation papier de précaution peut être maintenu selon le profil de risque de l’entreprise.
Les deux durées répondent à des obligations différentes : 6 ans au titre fiscal et 10 ans au titre comptable. Pour une facture, qui relève généralement des deux régimes, une conservation de 10 ans est la politique la plus sûre.
Non, pas automatiquement. Certaines PA proposent un archivage intégré, éventuellement avec SAE certifié NF 461 ; d’autres non. Il faut vérifier le contrat : durée, format original, preuves exportables, restitution, réversibilité, localisation et responsabilité.
La réversibilité doit être prévue dès le contrat initial. L’export doit inclure les factures au format d’origine, les métadonnées, les journaux, les empreintes, les preuves d’horodatage et un manifest ou schéma documenté permettant de contrôler l’intégrité de la reprise.
Non. Les factures antérieures restent soumises aux règles applicables à leur date d’émission. En revanche, si l’entreprise décide de numériser rétrospectivement des factures papier, elle doit appliquer une procédure de numérisation fidèle et conserver les copies dans un environnement garantissant leur intégrité.
Une GED gère les documents courants : création, partage, classement et recherche. Un SAE est conçu pour la conservation probatoire : intégrité, traçabilité, non-altération, restitution et réversibilité. Pour les factures, un SAE ou une brique d’archivage probatoire intégrée est l’outil pertinent.
Un hébergement dans un autre État membre de l’Union européenne peut être conforme, sous réserve des exigences applicables de déclaration, d’accès et de restitution. Un hébergement hors UE doit être analysé avec prudence au regard des conventions d’assistance mutuelle fiscale, de l’accès de l’administration et des contraintes de souveraineté. Dans la pratique, de nombreuses entreprises privilégient un hébergement en France ou dans l’Union européenne.
Sources
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